Печатная версия
Архив / Поиск

Archives
Archives
Archiv

Редакция
и контакты

К 50-летию СО РАН
Фотогалерея
Приложения
Научные СМИ
Портал СО РАН

© «Наука в Сибири», 2019

Сайт разработан и поддерживается
Институтом вычислительных
технологий СО РАН

При перепечатке материалов
или использованиии
опубликованной
в «НВС» информации
ссылка на газету обязательна

Наука в Сибири Выходит с 4 июля 1961 г.
On-line версия: www.sbras.info | Новости | Архив c 1961 по текущий год (в формате pdf), упорядоченный по годам
 
в оглавлениеN 37 (2523) 23 сентября 2005 г.

ШКОЛА НА СТЫКЕ НАУК

Более пятидесяти студентов, аспирантов и молодых ученых со всей России (от Нижнего Новгорода до Владивостока) и Казахстана собрались 11-16 сентября в Новосибирске для участия в международной школе молодых ученых «Эволюция, системная биология и высокопроизводительные вычисления в биоинформатике».

Ю. Черная, «НВС»

Уникальность этой школы в том, что она проходит сразу на нескольких языках, — отметил один из лекторов профессор Томас Касавант (Университет Айовы, США). — Я имею в виду не только и не столько русский и английский языки, сколько язык математики, статистики, программирования и язык биологии, систематики и эволюции«. И, действительно, среди участников школы были молодые ученые таких разных специальностей, как биология, химия, физика, медицина, информатика, математика и программирование.

— Идея проведения школы возникла прошлым летом, на последней международной конференции «Биоинформатика регуляции и структуры генома», которая проходит раз в два года. Дело в том, что на конференции выступают уже состоявшиеся специалисты в области биоинформатики, — рассказывает чл.-к. РАН Николай Колчанов, председатель научного комитета школы. — Нам хотелось провести школу для молодых ученых, на которой они могли бы не только слушать, но и занимать активную позицию в дискуссиях, выступать в роли докладчиков сами. Исходя из этого, мы и строили структуру обучения: 3-4 часа лекций, 2-3 часа семинарских занятий. Один день был полностью посвящен докладам молодых ученых и их постерной сессии. Пригласить в школу в качестве преподавателей удалось не просто специалистов высокого уровня, занимающихся наиболее актуальными на сегодняшний день проблемами биоинформатики, но и прекрасных лекторов — у большинства приглашенных в этом огромный опыт. По итогам школы будет создан сайт, где будут представлены лекционные материалы. А после проведения второй школы (которая планируется на следующий год непосредственно перед конференцией «Бионформатика регуляции и структуры генома») мы, учитывая нехватку учебных материалов по биоинформатике, подготовим учебник со всеми лекциями на русском языке.

Иллюстрация

Поделиться общими впечатлениями от школы и рассказать о теме своих выступлений мы попросили самих лекторов.

Профессор Дмитрий Щербаков (Лимнологический институт СО РАН, Иркутск):

— Байкалу — около 30 миллионов лет. Естественно, что некоторые группы организмов являются его ровесниками — предки этих видов появились с ним одновременно. Однако, выявлено, что предки множества современных видов Байкала появились 3,5 миллиона лет назад. Это означает, что примерно в этот период, еще до плейстоценового похолодания было колоссальное вымирание, на месте которого за короткое время развилось необычайное разнообразие. (Сегодня количество видов в Байкале приблизительно в 2 раза больше, чем в любом другом месте в остальной Cеверной Азии.) Причина этого колоссального вымирания пока остается для нас загадкой. А в поиске ответов мы используем и компьютерное моделирование, и молекулярную генетику, и математику, пытаясь подобрать наиболее вероятный сценарий, учитывающий события прошлого и современную ситуацию. Об этом и была моя лекция.

Подобные школы — это возможность для молодых специалистов создать свое сообщество. Ведь обсуждать проблемы и делиться новыми идеями внутри такого научного сообщества всегда эффективней, чем с начальниками или именитыми коллегами. Честно говоря, эта школа и мне дала возможность повидаться с коллегами, «обновить связи внутри своего научного сообщества».

Профессор Василий Любецкий (Институт проблем передачи информации РАН, Москва):

— В моей первой лекции вниманию слушателей предлагались оригинальные методы построения «деревьев» белков и «дерева» эволюции видов, методы реконструкции эволюционных событий молекулярного уровня. Вторая лекция была посвящена математической модели экспрессии генов, прежде всего, тех механизмов экспрессии, которые связаны с образованием вторичных структур мРНК. Также были представлены новые алгоритмы поиска регуляторных сигналов экспрессии генов.

Биоинформатика — наука молодая и быстро развивающаяся. Она основана, с одной стороны, на генетике и теории эволюции, а с другой — на методах из математики и теории алгоритмов, которые позволяют описывать содержательные явления с помощью эффективных и быстрых компьютерных программ. Для счета таких программ используются вычислительные устройства с параллельной архитектурой и, пока в меньшей степени, грид-технологии. Найти биолога, который хорошо владеет программированием и понимает соответствующую математику, как и программиста, знающего генетику, трудно. Поэтому, на мой взгляд, подобные школы вообще нужны, но для биоинформатики — это острая необходимость.

Игорь Титов, кандидат физико-математических наук (Институт цитологии и генетики СО РАН):

— Мы часто сталкиваемся с различными сетями. Оказалось, что компьютерные, организационные, электрические, биологические и многие другие сети имеют схожую структуру. О том, какими характеристиками обладают устойчивые сети и неустойчивые, как они возникают и по каким законам развиваются, я и рассказывал в своей лекции.

Подобная школа проводится впервые. И, мне кажется, это настоящий прорыв для Сибирского отделения — к нам приехали молодые ученые со всей России. Ведь, как я уже говорил в своей лекции, для успешного функционирования системы нужен обмен информацией и кадрами.

Профессор Алексей Иванов (ГУ НИИ биомедицинской химии им. Ореховича РАМН, Москва):

— Моя лекция была посвящена проблемам компьютерного моделирования пространственных структур биологических макромолекул. Сегодня эта тема необычайно актуальна, например, при изучении пространственной «упаковки» белков как мишени для действия новых лекарств.

Впечатления о школе у меня очень приятные. Здесь собрались молодые специалисты, энтузиасты науки. Выступать перед мотивированной, заинтересованной аудиторией «с огоньком в глазах» всегда приятно.

Профессор Ральф Хофестадт (Университет Билефельда, Германия):

— Здесь я рассказывал о своей идее, о своей мечте — программе «Виртуальная клетка», над которой мы работаем уже 20 лет. Пока нам удалось получить лишь статичную картину, в которой не хватает жизни и движения. Это лишь малая часть большого целого, но для биоинформатики, это уже настоящий прорыв.

Я всегда с большим интересом следил и по возможности участвовал в международной конференции «Бионформатика регуляции и структуры генома». И, конечно, с удовольствием согласился преподавать в первой молодежной школе, проходящей под эгидой Конференции. Идея организовать школу только для молодых специалистов, на которой они могут ознакомиться сразу со всеми актуальными проблемами биоинформатики — очень удачна. Для меня школа — это, в первую очередь, возможность донести новые, передовые идеи до молодежи. Сегодня не существует достаточно мощных и быстрых компьютеров, чтобы решать задачи системной биологии «в лоб». Поэтому сейчас успех могут гарантировать не дорогая техника, а только новые подходы, более эффективные алгоритмы и неожиданные решения.

Особое внимание в программе школы уделялось не только лекциям ведущих специалистов и семинарским занятиям, но и внеучебной программе.

— Культурные мероприятия, которые прошли в рамках школы помогли участникам наладить общение между собой и с лекторами. А в научной среде это необычайно важно: зачастую именно в процессе общения людей разных специальностей рождаются новые идеи, новые подходы к решению задач, — рассказывает Дмитрий Афонников, председатель организационного комитета Школы. — Еще одна отличительная особенность этой школы — свободное посещение лекций для всех желающих. Я очень рад, что этой возможностью воспользовались и ученые различных научно-исследовательских институтов Новосибирска, и студенты НГУ.

Нам остается добавить, что проводил школу Институт цитологии и генетики СО РАН при организационной поддержке Новосибирского государственного университета, кафедры информационной биологии ФЕН НГУ, Совета молодых ученых ИЦиГ и финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований.

стр. 2

в оглавление

Версия для печати  
(постоянный адрес статьи) 

http://www.sbras.ru/HBC/hbc.phtml?4+347+1