СОВРЕМЕННЫЕ МЕТОДЫ СЕКВЕНИРОВАНИЯ:
ОБСУДИЛИ И РАЗОБРАЛИСЬ
Конец июля выдался для Института химической биологии и фундаментальной медицины весьма «урожайным» на научные форумы — в двадцатых числах первого летнего месяца, в преддверии отпускного сезона, прошло сразу несколько научных мероприятий, собравших российских и зарубежных учёных.
Ю. Александрова, «НВС»
Это совместная с Институтом цитологии и генетики мультиконференция «Новая биология» в Новосибирске, в которую вошли «подконференции» «Постгеномные технологии для биомедицины» (ИХБФМ), «Биоинформатика регуляции и структуры геномов и системной биологии» (ИЦиГ), а также Школа молодых учёных «Современные методы секвенирования нуклеиновых кислот». О ней-то мы и поговорили с председателем Оргкомитета — учёным секретарем ИХБФМ, руководителем Центра коллективного пользования СО РАН «Геномика» к.б.н. М. Р. Кабиловым.
— Марсель Расимович, прошедшая школа — мероприятие традиционное?
— Вовсе нет, мы организуем её впервые. Школа посвящена относительно недавно появившемуся направлению, в котором используется новый тип оборудования — высокопроизводительные системы параллельного секвенирования. Мероприятие проводили на базе нашего института с использованием ресурсов ЦКП СО РАН «Геномика».
— Вот об этих приборах подробнее. Чем они примечательны?
— Дело в том, что ЦКП в данный момент обладает уникальным парком взаимодополняющих друг друга геномных секвенаторов: SOLID 5500xl (Life Technologies), 454 FLX+ (Roche), и этой осенью должен придти MiSeq (Illumina). Фактически, благодаря поддержке приборной комиссии СО РАН, мы способны предложить нашим пользователям возможность секвенирования на самых современных приборах, каждый из которых, безусловно, имеет как свои преимущества, так и недостатки. В начале 2012 года, возглавив Центр коллективного пользования, я столкнулся с тем, что порой наши потенциальные пользователи не всегда представляют, на что способна та или иная платформа. И у меня появилась идея организовать школу, основной темой которой стало бы как раз высокопроизводительное секвенирование. Причем это мероприятие явилось частью упомянутой ранее биологической мультиконференции.
— Немного «статистики и географии», пожалуйста...
—Всего в Школе молодых учёных приняли участие около шестидесяти человек — немного, но ведь проводилась она впервые, да и подобной школы такого формата в России никогда раньше не было. География весьма разнообразна: Астана, Ереван, Москва, Уфа, Покров, Красноярск, Томск, Кемерово, Владивосток и другие города. В том числе молодые научные сотрудники и аспиранты из Новосибирска, из ИЦиГ, ИМКБ СО РАН и, конечно, из нашего института.
— Вы сказали, что формат прошедшей школы необычен, даже уникален. В чём эта уникальность заключается?
— Дело в том, что высокопроизводительное секвенирование — весьма недешёвое удовольствие, и молодой (и даже не молодой) учёный не всегда может это себе позволить. А мы, точнее, наши спонсоры (компании Диаэм, ИнтерЛабсервис, Life Technologies и Roche) взяли на себя обеспечение проектов необходимыми реактивами. Таким образом, заручившись поддержкой компаний, поставляющих геномные секвенаторы в Россию, мы провели в рамках школы конкурс проектов.
Учёные присылали свои проекты с описанием объекта исследования, с обоснованием выбора платформы, на которой предполагалось секвенировать. Большинство проектов в итоге были поддержаны, и с использованием мощностей ЦКП мы начали проводить секвенирование. Из-за сжатых сроков успели не всё, но планируем закончить в ближайшее время. Скорее всего осенью после отпусков организуем вебинар — что-то вроде видеоконференции, на которой участники и все желающие смогут обсудить полученные результаты.
— Какой была структура прошедшего молодежного мероприятия?
— Школа продолжалась два дня, 24 и 25 июня. На открытии я сделал небольшое представление Центра коллективного пользования, рассказал об истории его создания и об оборудовании, которым мы обладаем. Затем с лекцией об эволюции методов секвенирования выступил сотрудник ЦКП к.б.н И. В. Морозов: речь шла о первых вариантах секвенирования, о текущем состоянии дел высокопроизводительного секвенирования и, конечно, о перспективных разработках, за которыми будущее. А потом мы рассматривали непосредственно часть проектов участников конкурса, затем состоялось общее обсуждение, которое помогло во многом разобраться.
Хотелось бы рассказать про несколько интересных проектов. На платформе SOLID мы провели предварительное секвенирование древней ДНК, выделенной из костей голоценовых животных, которые были найдены в пещерах Западной Сибири. Это, конечно, прицельный эксперимент, который ещё необходимо проанализировать, но если полученные данные окажутся адекватными, то работа, скорее всего, будет продолжена. Другой проект был связан с секвенированием неописанного ранее гигантского бактериофага, найденного в озере Байкал. Второй день мы полностью посвятили докладам приглашенных специалистов — представителей компаний и научно-исследовательских институтов. После лекций для всех желающих организовали экскурсию в ЦКП «Геномика».
— Кстати, по секвенаторам, чтобы всё было понятно... Вот у вас они есть, а как обходятся учёные из других, порой удаленных от центра, городов?
— Эти приборы весьма дорогостоящие. Представьте себе — одно такое устройство может стоить миллион долларов! Наш ЦКП тем и уникален (пожалуй, для России в целом), что подобной комбинации платформ в одном месте нет нигде. Для того, чтобы приобретение такого дорогостоящего оборудования было оправдано, необходимо, чтобы прибор не простаивал и был загружен, что, конечно же, легче сделать в рамках ЦКП. Работать на данном приборе сможет не каждый — только особо обученные специалисты, прошедшие стажировку, в том числе и за рубежом. Поэтому пользователи присылают нам образцы ДНК, а секвенируем уже мы. Причем анализ данных, полученных после высокопроизводительного секвенирования — это отдельная научная проблема.
— В итоге, какое у вас сложилось впечатление от первой школы? Стоит ли проводить подобные в дальнейшем?
— Безусловно, стоит. Мне кажется, что это был взаимополезный опыт. Участники школы познакомились с новыми высокопроизводительными секвенаторами и получили возможность опробовать их в действии. Центр коллективного пользования в свою очередь приобрел новых коллабораторов, работающих с интересными биологическими объектами. Мы открыты для общения и сотрудничества, думаю, что эта школа была далеко не последней.
стр. 7
|
