Благодаря компактному расположению большинства научных институтов в городе Якутске при ограниченном бюджете удалось сразу построить кабельную систему ядра сети, соединившую 8 зданий, на основе оптоволоконных кабелей. В нескольких случаях близкорасположенные здания соединены медными кабелями UTP категории 5 в уличном исполнении. Ядро сети построено на управляемых коммутаторах. Для подключения нескольких зданий, находящихся на значительном удалении, но в зоне прямой видимости, были созданы две радиосети. В двух случаях для подключения к ядру сети использованы арендованные медные линии с передачей данных по ADSL и SDSL.
Для подключения двух объектов используются VLAN, арендованные в городской сети ``Оптилинк'', в этой же сети арендована оптоволоконная линия для соединения с узлом в здании ОАО ``Ростелеком''. Для обеспечения доступа сотрудников ЯНЦ СО РАН к электронной почте сеть имеет сервер удалённого доступа на 8 линий. Кроме выхода в Интернет, Якутская научная сеть участвует во внутригородской пиринговой сети, через которую доступны сети Якутского государственного университета и ряда других организаций и операторов.