Институт создан по инициативе академика Н. Л. Добрецова в Новосибирске 7 марта 2006 г. во исполнение постановления Президиума РАН от 22.11.2005 г. № 268 в порядке реорганизации путем слияния Объединенного института геологии, геофизики и минералогии им. А. А. Трофимука СО РАН, Института геологии ОИГГМ СО РАН и Института минералогии и петрографии ОИГГМ СО РАН с прекращением деятельности последних как юридических лиц и передачей их прав и обязанностей созданному Институту геологии и минералогии СО РАН.

Свою историю ИГМ СО РАН ведет с момента создания Сибирского Отделения АН СССР в 1957 году, когда в числе первых 10 создаваемых академических институтов Президиум АН СССР назвал Институт геологии и геофизики. Инициатором создания этого многопрофильного института был академик АН СССР, известнейший геолог-нефтяник Андрей Алексеевич Трофимук.

С Институтом связаны имена пяти Героев Социалистического Труда — А. А. Трофимука (1944), В. С. Соболева (1978), А. Л. Яншина и Ю. А. Косыгина (1981), Б. С. Соколова (1984). Десять сотрудников стали лауреатами пяти Ленинских премий — проф. М. К. Коровин и В. П. Казаринов (1964); Б. С. Соколов (1967); И. И. Нестеров (1970); В. С. Соболев, Н. Л. Добрецов, В. В. Ревердатто, Н. В. Соболев, В. В. Хлестов (1976); Ю. А. Косыгин (1981). Среди сотрудников Института 29 лауреатов двенадцати Государственных премий СССР в области науки и техники. В 1988 г. директором Института был избран Н. Л. Добрецов. В 1990 г. Институт геологии и геофизики (ИГиГ), просуществовавший под этим названием 33 года, был преобразован в Объединенный институт геологии, геофизики и минералогии (ОИГГМ) СО АН — генеральный директор академик Н. Л. Добрецов. К моменту реорганизации в 2005 году в состав ОИГГМ входило пять ассоциированных Институтов: Институт геологии (ИГ) — директор академик Н. Л. Добрецов, Институт минералогии и петрографии — директор академик Н. В. Соболев, Институт геофизики (ИГФ) — директор академик С. В. Гольдин, Институт геологии нефти и газа (ИГНГ) — директор академик А. Э. Конторович, Конструкторско-технологический институт геофизического и экологического приборостроения (КТИ ГЭП) — директор д.т.н. В. М. Грузнов.

Структура Института включает отделение геологии, отделение минералогии и инновационное отделение, объединяющие 18 лабораторий; общая численность Института, включая административно-управленческие и технические подразделения и службы, а также работающих в Институте студентов и аспирантов более 600 чел., в том числе более 300 научных сотрудников из них около 70 докторов наук и более 130 кандидатов наук. В Институте работают действительные члены академии наук Н. Л. Добрецов — директор Института, Н. В. Соболев, В. В. Ревердатто; члены корреспонденты РАН  Г. В. Поляков, В. А. Верниковский, В. С. Шацкий, Н. П. Похиленко. Директор Института — академик Н. Л. Добрецов.