Институт нефтегазовой геологии и геофизики им. А.А. Трофимука СО РАН создан постановлением Президиума Российской академии наук от 22 ноября 2005 г. № 272 в порядке реорганизации путем слияния Института геологии нефти и газа СО РАН, Института геофизики СО РАН и Конструкторско-технологического института геофизического и экологического приборостроения СО РАН.