Центральный сибирский ботанический сад (ЦСБС) был создан в 1946 году в структуре Западно-Сибирского филиала АН СССР, в 1961 г. ему присвоен статус научно-исследовательского Института. До 1964 г. ЦСБС располагался в Заельцовском районе г.Новосибирска, занимал территорию в 232 га.

В 1964 г. для ЦСБС в окрестностях Академгородка была выделена территория в 1060 гектаров, на которой в соответствии с планом размещены коллекции и экспозиции растений - дендрарий,систематикум, полезных, редких и исчезающих видов растений.

В 1971 г. было закончено строительство главного лабораторного корпуса, производственных, технических помещений, и весь коллектив ЦСБС был перебазирован в Академгородок.

В 1982 г. состоялось официальное открытие Центрального сибирского ботанического сада, подведены итоги завершению строительства на новой территории.

В течение последнего десятилетия сад развивается как центр интеграции ботанических исследований в Сибири. При нем успешно функционируют Научный Совет ботанических садов Сибири, Совет по проблемам ботаники, Новосибирское отделение Русского Ботанического общества, Совет по защите докторских диссертаций.

В настоящее время в институте трудятся: академиков - 1, членов-корреспондентов - 1, докторов наук - 23, из них 8 имеют звание профессора, кандидатов наук - 74, научных сотрудников без степени - 27.

За 60 лет сотрудниками Центрального сибирского ботанического сада издано более 250 крупных монографий и книг, в том числе сводка "Флора Сибири" в 14-ти томах, "Зеленая книга Сибири", "Определители растений" и "Красные книги": Алтайского края, Кемеровской и Новосибирской областей, Республики Тыва, Ханты-Мансийского АО, опубликовано свыше 5,5 тыс. научных статей в журналах и сборниках, получено 98 авторских свидетельств и патентов на новые сорта растений, лечебные препараты, изобретения, десятки практических предложений используются в производстве.

Центральный сибирский ботанический сад имеет тесные связи со всеми ботаническими садами России и ближнего зарубежья, с 250 садами других стран пяти континентов. Гербарные коллекции достигли 860 тыс. листов высших сосудистых растений.