В 1986 г. в рамках СКБ ВТ было создано Отделение электронного приборостроения для развития работ в области научного приборостроения и средств автоматизации НИР.

В 1990г. в СКБ ВТ создан Отдел медицинской информатики и электроники для разработки медицинских информационных систем и создания элементов многопрофильного автоматизированного диагностического центра СО АН СССР.

Постановлением Президиума СО АН СССР в ноябре 1990 г. СКБ ВТ было переименовано в Конструкторско-технологический институт вычислительной техники, который вошел в состав Объединенного института вычислительной математики и информатики.

В сентябре 1995 г. КТИ ВТ СО РАН переведен в состав Объединенного института автоматики и электрометрии.

В ноябре 1997 г. КТИ ВТ СО РАН вошел в состав Объединенного института информатики СО РАН.

С 2003 г. КТИ ВТ является самостоятельным Институтом в составе СО РАН и входит в Объединенный ученый совет СО РАН по математике и информатике.

В 2007 г. Институт переименован в Учреждение Российской академии наук Конструкторско-технологический институт вычислительной техники Сибирского отделения РАН.

С сентября 2010 г. КТИ ВТ входит в Объединенный ученый совет СО РАН по нанотехнологиям и информационным технологиям.