Основной целью Института является выполнение фундаментальных научных исследований и прикладных работ в рамках приоритетного направления в области археологии и этнографии – изучение культурно-исторических процессов в древности и средневековье, новом и новейшем времени на территории Евразии, включая:

• исследование проблем первоначального заселения Евразии, эволюции культуры, хозяйственной деятельности и среды обитания человека в каменном веке;

• изучение проблем этногенеза, палеоантропологии, реконструкции этносоциальных процессов в эпохи палеометалла и средневековья, истории первых классовых образований, связи древних и средневековых культур Северной, Центральной и Восточной Азии и сопредельных территорий;

• исследование традиционной культуры, идеологии и социальной организации коренного населения Сибири и Дальнего Востока, традиционной материальной и духовной культуры русского населения Сибири, современных этнических процессов в азиатской части России;

• инновационные, экспертные, изыскательные и реставрационные работы по сохранению историко-культурного наследия в работах новостроек.