Институт систем информатики был создан в 1990 году постановлением Президиума СО АН СССР № 161 от 30.03.90 в соответствии с распоряжением СМ СССР № 1046р от 21.11.89. Однако фактически его история началась в 1958 году, когда был создан отдел программирования Института математики СО АН СССР (г.Новосибирск). Возглавил отдел Андрей Петрович Ершов. Первым проектом, реализованным в отделе программирования, был транслятор с алголоподобного языка АЛЬФА.

В 1964 году отдел был переведен во вновь организованный Вычислительный центр СО АН СССР (г.Новосибирск), который возглавил академик Гурий Иванович Марчук.

В 60-е и 70-е годы тематика исследований, выполняемых в отделе, стала охватывать широкий круг проблем системного и теоретического программирования, систем искусственного интеллекта, новых компьютерных архитектур. Сформировалась сибирская школа программирования, которая и сейчас занимает лидирующее положение во многих областях информатики.

В 80-е годы в рамках ВНТК "Старт" сотрудниками, ныне составляющими костяк института, был выполнен ряд экспериментальных проектов, базирующихся на ранее предложенных теоретических концепциях и методах. В этих проектах исследовались проблемы языков параллельного программирования, верификации, синтеза и оптимизации программ, новых мультипроцессорных архитектур и проектирования СБИС. Не менее важно, что к реализации этих проектов удалось привлечь большую группу способной молодежи.

В настоящее время в Институте систем информатики им. А.П.Ершова СО РАН проводятся исследования по следующим направлениям:

• фундаментальные проблемы информатики (теоретическое программирование, прикладная логика, методы спецификации и верификации параллельных и распределенных систем и т.п.);
• модели конструирования эффективных и надежных программ и поддерживающие их инструментальные системы программирования;
• системы искусственного интеллекта и прикладные программные системы;
• современные телекоммуникационные системы и сети.