Институт оптики атмосферы Сибирского отделения Российской Академии наук создан в 1969 году на основе лаборатории инфракрасного излучения Сибирского физико-технического института. Актуальность тематики, привлечение к работе талантливой научной молодежи (в основном из числа выпускников Томского государственного университета) и, что особенно важно, положенный академиком В.Е. Зуевым в основу деятельности коллектива (научной, производственной и социальной) комплексный подход предопределили успешное развитие Института. В Институте сформировалась крупная научная школа по атмосферной оптике, получившая признание в нашей стране и за рубежом. В Институте получили развитие направления, на основе которых были созданы Институт сильноточной электроники, Институт физики прочности и материаловедения, Институт оптического мониторинга.

В целях увековечения памяти организатора и директора Института оптики атмосферы СО РАН (1969–1997 гг.), Героя Социалистического Труда, лауреата Государственной премии СССР и Премии Совета Министров СССР академика Владимира Евсеевича Зуева, выдающегося ученого в области физики атмосферы, основателя и председателя Томского научного центра СО РАН (1978–1992 гг.), академика-секретаря Отделения океанологии, физики атмосферы и географии РАН, члена Президиума РАН (1991–1996 гг.) 19 декабря 2006 г. Президиум РАН принял решение о присвоении Институту оптики атмосферы СО РАН имени академика В.Е. Зуева.