• структура, функционирование и эволюция наземных и водных экосистем, их биологическое разнообразие;
• проблемы сохранения и использования биологических ресурсов.

В рамках научных направлений в Институте исследуются следующие проблемы:

• Изучение генезиса, структуры и механизмов функционирования биологического разнообразия в Байкальском регионе.

• Изучение пространственной организации почвенного покрова Байкальского региона, анализ процессов деградации и опустынивания; разработка технологий сохранения и улучшения почв.

• Изучение наследия тибетской медицины и создания на этой основе новых лекарственных препаратов.

В настоящее время Институт имеет 10 лабораторий и 1 группу, функционирующую в составе лаборатории флористики и геоботаники.

Институт имеет 6 научных стационаров в различных климатических зонах Забайкалья, виварий, коллекции насекомых, паразитических организмов бассейна оз. Байкал, экстремофильных микроорганизмов водных экосистем Прибайкалья и Забайкалья.