В марте-апреле 1978 года по инициативе академика Г.И.Марчука под руководством профессора, д.ф.-м.н. В.Н.Ремесленникова в Омске началось формирование академических подразделений в области математики и ее приложений. Сначала был создан Омский комплексный отдел Института математики (ОКО). Он имел две лаборатории: алгебры (д.ф.-м.н. В.Н.Ремесленников) и кибернетики (к.т.н. Р.М.Ларин). В 1979г. к ним были присоединены две лаборатории ВЦ СО РАН: методов решения задач механики сплошной среды (к.ф.-м.н. В.Н.Игнатьев) и проблем автоматизации проектирования и вычислительной техники (к.ф.-м-н. В.А.Шапцев). Через год Институт гидродинамики имени М.А.Лаврентьева направил в состав ОКО лабораторию крыльевых движителей (д.т.н. Д.Н.Горелов). При активном содействии академика А.С.Алексеева в 1983г. ОКО Института математики преобразован в Комплексный отдел ВЦ СО РАН под руководством д.ф.-м.н. Б.А.Рогозина. С 1989г. Комплексным отделом руководит заместитель директора по научной работе ВЦ СО РАН д.т.н., проф.В.А.Шапцев. В 1990 г. на базе этого отдела при содействии академика А.С.Алексеева и члена-корреспондента Ю.И.Шокина создается Институт информационных технологий и прикладной математики. Директором этого Института избран д.т.н. В.А.Шапцев. В июле 1997 г. Институт реорганизован в Омский филиал Института математики им.С.А.Соболева СО РАН. Возглавляет Институт д.ф.-м.н., профессор В.А.Топчий.

Становление и развитие Института шло при эффективном сотрудничестве с ОмГУ (ректоры Б.А.Рогозин, В.В.Тихомиров, Г.И.Геринг), проектного института ВНИПИНЕФТЬ(А.Ю.Медведовский), ОФ Института катализа (директор, д.х.н. В.К.Дуплякин), ОмПИ (ректор, д.т.н. Н.С.Жилин).

В 1996г. Институт закончил строительство собственных производственных площадей и переехал в новые помещения. Теперь Институт расположен в центре г.Омска, в совместно построенном здании учебно-лабораторного корпуса Омского государственного института сервиса.