Институт образован 1 сентября 1987 г. на базе лабораторий ряда институтов Сибирского отделения РАН, проводивших исследования природно-ресурсной и экологической направленности.

Организатор Института и его первый директор – действительный член Российской академии наук Олег Федорович Васильев, ныне – советник Российской академии наук. С октября 1995 года директором Института является доктор географических наук профессор Юрий Иванович Винокуров.

ИВЭП СО РАН расположен в г. Барнауле, административном центре Алтайского края. В 1996 г. в Новосибирском научном центре Сибирского отделения РАН на базе Новосибирской комплексной лаборатории и научно-исследовательской базы флота Сибирского отделения РАН создан Новосибирский филиал Института. Горно-Алтайский филиал (Республика Алтай) открыт в 2002 г. В 1999 г. совместно с Кемеровским научным центром создана Лаборатория геоэкологических и водных проблем.

Институт имеет научно-исследовательские суда на Новосибирском водохранилище и оз. Телецком, парк экспедиционных автомашин, включая передвижную специализированную лабораторию экологического мониторинга атмосферы.