Описание ключевых баз данных по биоразнообразию растительного и животного мира Сибири

Голыгина В.В., Графодатский А.С., Губнин К., Коваль В.С.
Институт цитологи и генетики СО РАН, Новосибирск
Байков К.С., Ермаков Н.Б.
Центральный сибирский ботанический сад СО РАН, Новосибирск
Федотов А.М.
Институт вычислительных технологий СО РАН, Новосибирск
Дуботолов В.В
Института систематики и экологии животных, Новосибирск

В рамках выполнения интеграционного проекта в течение двух лет (2001 и 2002) создано и заполняется более 15 баз данных и информационных ресурсов. Подавляющее большинство этих БД расположено на сайте Сибирского Отделения. Несколько разделов поддерживается на сайтах Института цитологии и генетики и Института систематики и экологии животных. Информационной основой для этих электронных библиотек и БД служит материал, накопленный биологическими институтами Сибирского Отделения РАН в течение последних десятилетий.

Базы данных и электронные библиотеки по биоразнообразию растительного мира Сибири создаются и поддерживаются сотрудниками ЦСБС и ИЦиГ СО РАН. Наибольший интерес на наш взгляд представляют следующие БД.

Электронный каталог растений Сибири - Представляет собой коллекцию паспортов видов растений природной флоры. На текущий момент насчитывает более 1200 видов сибирской флоры. Содержит сведения по морфологии, условиям обитания, распространению в административных районах Сибири, хозяйственному использованию видов, рисунки и фотографии растений и их частей и многое другое.

База данных "Редкие и исчезающие растительные сообщества Сибири". В настоящий момент это действующая база данных, доступная через ИНТЕРНЕТ. Она представляет пример тематической БД, концентрирующей информацию, направленную на решение практических задач по сохранению разнообразия экосистем. Основным информационным элементом выступает стандартное описание растительного сообщества (паспорт), которое имеет связь с БД «Растительные сообщества Северной Евразии» по стандартным полям, а также несет ряд дополнительной информации прикладного природоохранного содержания. Тематические БД решают, как научные, так и прикладные задачи. Среди последних особо выделяются: мониторинг, оценка ресурсного потенциала растительности, инвентаризация и сохранение биоразнообразия.

БД Изогенные линии пшеницы. Изогенные линии растений нашли широкое применение в фундаментальных генетических и прикладных селекционных исследованиях. Поэтому создание БД, описывающей наиболее полную серию изогенных линий пшеницы, представляет несомненный интерес.

В настоящее время усилиями сотрудников ИЦиГ на информационном сервере СО РАН создается такая база данных. Она представляет собой электронную коллекцию паспортов изогенных линий. В этот набор включено 73 линии, несущие морфологические и биохимические маркеры, гены иммунитета к болезням и другие хозяйственно-ценные признаки. Она включает в себя описательную (паспортную) и литературную часть, в которой собираются литературные источники, по конкретным изогенным линиям, кроме того, как мы надеемся, будет создана цифровая (оценочная) часть. Каждый из разделов связан с другими перекрестными ссылками.

Принципиально важным разделом представляемого документа в БД «Изогенные линии» является ссылка на литературные источники.

БД «Литература» доступна не только при работе с коллекцией  «Изогенные линии пшеницы». Она может быть использована при заполнении всех баз данных создаваемых в рамках этого проекта. Мы надеемся, что по мере заполнения баз данных будут появляться новые литературные источники, которые пополнят БД «Литература». Мы попытались максимально приблизить структуру описания литературы в базе данных к существующим стандартам, чтобы добиться совместимости нашей коллекции с аналогичными БД, представленными в Интернете.

Сортовое многообразие картофеля. База данных посвящена описанию сортов картофеля, районированных в Западной Сибири. В настоящий момент содержит 72 записи. В БД представлены как старые, известные сорта, например Берлихенген, так и сорта современной селекции - Луговской, Пушкинец. В дальнейшем предполагается введение в эту базу данных новых сортов картофеля и расширение описаний существующих сортов.

Сорта облепихи, выведенные в Институте Цитологии и Генетики СО РАН и Новосибирской зональной плодово-ягодной опытной станции им. И.В. Мичурина СО РАСХН.

Эта база данных, содержит описания районированных сортов облепихи, созданных в Институте Цитологии и Генетики СО РАН и Новосибирской зональной плодово-ягодной опытной станции. Эта работа может наглядно продемонстрировать сотрудничество исследователей СО РАН с селекционерами Российской сельскохозяйственной академии. Пользователь получает достаточно полную информацию о современных сортах, используемых в производстве и на личных садовых участках.

Следующий раздел нашей работы Базы данных и электронные библиотеки по биоразнообразию животного мира Сибири

В этом разделе представлены главным образом БД, по разнообразию и динамике популяций насекомых - медведицы, хирономиды, дрозофила.

База данных по медведицам (Insecta, Lepidoptera,Arctiidae) Палеарктики

Сотрудниками Института систематики и экологии животных СО РАН создана и постоянно пополняется «База данных по медведицам (Insecta, Lepidoptera, Arctiidae) Палеарктики», куда внесены сведения по всем видам и подвидам этого подсемейства, населяющим территорию Палеарктики (всего 398 документов). В базу внесена таксономическая информация; список синонимов, с указанием кем, когда и где они описаны, а также их типовые места. Кроме того предусмотрена возможность размещения фотографического материала. Для всех видов и подвидов приведены данные по их ареалам. База данных открыта для всех пользователей. Всего база данных включает 21 поле и полностью характеризует выбранный биологический объект.

Chironomidae: виды, популяции, генетическая изменчивость

Еще одна БД, описывающая разнообразие мира насекомых создается сотрудниками ИЦиГ СО РАН - «Chironomidae: виды, популяции, генетическая изменчивость». Хирономиды являются удобным объектом для изучения микроэволюционных процессов на цитогенетическом и молекулярном уровне. В настоящее время в литературе накоплено огромное количество данных по генетическому и хромосомному полиморфизму у хирономид и возникла настоятельная необходимость в упорядочивании этих сведений и проведении их комплексного анализа. Поэтому, создание базы данных, которая будет содержать максимально полную и формализованную информацию по кариологии и морфологии хирономид, значительно облегчит проведение исследований на этом объекте.

Основным объектом базы данных является вид. Информация по каждому виду разделена на 4 основных блока: описание кариотипа, кариотипической вариабельности, морфологии на всех стадиях развития и кариотипического полиморфизма в отдельных природных популяциях вида.

На рисунке представлена страница с информацией о виде. Она содержит сведения об объеме изученного материала и ссылки на страницы с информацией о кариотипе, кариотипической изменчивости, морфологии и кариотипическом полиморфизме в отдельных популяциях.

Слайд 11 База данных по дрозофилам

Электронная библиотека по популяционной биологии синантропных видов дрозофил Северной Евразии

Третий информационный ресурс, содержит информацию о разнообразии синантропных видов дрозофил группы repleta (Diptera; Drosophilidae) в Северной Евразии. Информация для этого сайта предоставлена лабораторией генетики популяций ИЦиГ СО РАН. Сайт достаточно сложен и представляет собой несколько связанных баз данных, описывающий тот или иной аспект популяционных исследований Drosophila. Он включает в себя следующие разделы:

1. Данные по глобальным и локальным изменениям генофондов природных популяций Drosophila melanogaster.

2. Данные по генетическим признакам вида Drosophila melanogaster, представляющим научный интерес.

3. Данные по генетическим признакам и свойствам видов рода Drosophila и данные о распространении отдельных  видов в антропогенных ландшафтах Палеарктики.

Сайт имеет ряд «зеркал», что существенно облегчает использование информации удаленным пользователям.

Описание биологического разнообразия на основе сравнения цитогенетических данных, Web-сайт «Хромосома»

Принципиально отличается от трех предыдущих БД уникальная WWW-страница суммирующая основные сведения об организации и эволюции хромосомных наборов видов млекопитающих. Для каждого вида представлены текстовые описания хромосомного набора и некоторые графические данные, иллюстрирующие особенности организации кариотипа. Наиболее подробно представлены текстовые и графические описания хромосом домашних, пушных и лабораторных видов млекопитающих. Кроме этого, представлено детальное описание методов хромосомного анализа, в том числе и некоторых процедур молекулярной цитогенетики. Страница расположена на сервере Института цитологии и генетики СО РАН и представляет из себя 216 Web страниц и 150 фотографий хромосом.

Хромосомные наборы собаки и норки

Ваши комментарии Обратная связь

[Головная страница] [Конференции] [СО РАН]

© 2002, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск
© 2002, Объединенный институт информатики СО РАН, Новосибирск