Конференции ИВТ СО РАН

V Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям с участием иностранных ученых

1-3 ноября, г. Новосибирск, Россия

Тезисы докладов

Информационные технологии

Численное моделирование эволюции сложных биологических систем на основе их формального описания в среде BioUML

Кошуков А.В., Худяков В. А., Колпаков Ф. А.

Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН (Новосибирск)

В настоящее время сложно представить себе работу биолога–исследователя без использования соотвествующего программного обеспечения. Во всем мире ведется разработка программных комплексов, позволяющих как можно более эффективным образом использовать теоретические данные и результаты экспериментов вкупе с компьютерным моделированием. Необходимым требованием к подобным системам является обеспечение поддержки международного стандарта SBML. Одной из систем комплексно решающих проблемы биолога-исследователя является программный комплекс BioUML разработанный в лабораттории Био Информатики Конструкторско- Технологического института СО РАН.

BioUML включает в себя средства доступа к базам экспериментальных данных, формализованного описания структуры и поведения биологических систем, а также средства для их визуализации и моделирования. Система выполнена на основе «плугинной» архитектуры, что с одной стороны накладывает определенные требования к новому расширению, с другой – обеспечивает расширяемость с минимальными затратами.

Целью данной работы является разработка расширения для среды BioUML, позволяющего интерактивно генерировать описание системы на языке дифференциальных уравнений с последующим их решением. В процессе выполнения работы были поставлены и успешно решены следующие задачи:

Разаработка расширения, позволяющего в рамках плугинной архитектуры системы BioUML решать системы дифференциальных уравнений, сгенерированных на основе формального описания структуры и поведения исследуемой биологической системы.
Простое и наглядное графическое представления результатов моделирования.
Обеспечение поддержки международного стандарта SBML.
Проведена оптимизационная работа, связанная как с особенностями языка реализации так и с алгоритмами решения.

В результате выполнения работы в системе BioUML появилась возможность моделировать поведение описываемой системы и интерактивно менять ее параметры, что позволило биологам, использующим данный продукт, использовать дополнительный источник информации в процессе исследования системы.

Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции

Ваши комментарии
Обратная связь

[Головная страница]
[Конференции]