Автоматическая генерация кода для численного моделирования сложных систем на основе их формального описания в среде BioUML.

 

            В современных биологических исследованиях, для более полного понимания, комплексно используются  теоретические данные, результаты   экспериментов и компьютерное моделирование. Во всем мире ведутся разработки программных комплексов, позволяющих эффективно организовать этот сложный процесс. Одной из систем комплексно решающих проблемы биолога-исследователя является программный комплекс BioUML разработанный в лаборатории Био-Информатики Конструкторско- Технологического института Вычислительной Техники СО РАН.

            BioUML включает в себя средства доступа к базам экспериментальных данных, формализованного описания структуры и поведения биологических систем, а так же средства для их визуализации и моделирования.

            Целью данной работы является разработка расширения для среды BioUML, позволяющего интерактивно моделировать описываемую систему. В ходе выполнения данной работы были решены следующие задачи:

• Разработка архитектуры расширения позволяющего единообразно и с минимальными затратами реализовывать генераторы кода для различных целевых языков.
• Реализация кодогенератора для решения уравнений на языке Java.
• Обеспечение поддержки международного стандарта SBML.
• Проведено сравнение полученных данных с экспериментальными.

В результате выполнения работы в системе BioUML появилась возможность моделировать поведение описываемой системы и интерактивно менять ее параметры, что позволило биологам использующим данный продукт получить дополнительный источник информации о исследуемой системе.