Конференции ИВТ СО РАН

VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям

27 - 29 ноября 2007 года, Новосибирск

Тезисы докладов

Математическое моделироваие

Поиск миРНК-сигналов в нуклеотидных последовательностях.

Ворожейкин П.С.

Новосибирский Государственный Университет (Новосибирск)

В последнее время методы, изначально развитые для исследования лингвистических текстов, получили активное применение и для анализа генетических текстов.

В рамках данной работы, на первом этапе строится лингвистическая модель сигнала (символьной последовательности миРНК). К задаче применен подход скрытых Марковских моделей, адаптированы известные алгоритмы динамического программирования. Исследования проводились для всего массива известных данных (более 450 миРНК человека).

При тестировании данного метода выявлено, что поиск миРНК в ее предшественнике, как правило, приводит к предсказанию пары взаимнокомплементарных миРНК - в то время как наблюдается либо одна миРНК, либо пара, но с ошибочно определенными краями сигнала (смещение, добавление или удаление нуклеотидов).

Данный метод требует введения дополнительных уточняющих правил, задания правил локализации границ и определения дополнительных способов отделения парных миРНК от непарных.

Для поиска решающих правил в работе проводятся исследования первичной и вторичной структур сигналов, поведение их на краях. Изучается распределение нуклеотидов и спиралей/петель. Результаты сравниваются для разных типов сигналов.

Для определения границ сигнала рассматриваются различные варианты образования смещения (добавления, удаления) символов с краёв. На основе проанализированных данных, были предложены две модели образования краев миРНК:

- границы проходят по фиксированным последовательностям.

- первоначально границы проходят в фиксированных позициях гена, но в дальнейшем с границ отделяются элементы по вероятностному закону.

На втором этапе задачи, проводится поиск мест взаимодействий миРНК с геном (поиск мишеней). Реализуются три метода:

- Расчет энергии взаимодействия.

- Поиск участка непрерывного взаимодействия.

- Комбинированный, объединяет два предыдущих метода.

В дальнейшем результаты будут обобщены на другие организмы.

Научные руководители –

зав. каф. инф. тех. ВКИ НГУ А.И. Куликов; к. ф.-м. н, с.н.с ИЦиГ И.И. Титов

Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции

Ваши комментарии
Обратная связь

[Головная страница]
[Конференции]