IV рабочее совещание по электронным публикациям - EL-PUB-99

Новосибирск, Академгородок, ИВТ СО РАН, 21 - 23 апреля 1999 года.

Тезисы докладов

Базы знаний и сценарии анализа данных в электронной библиотеке по пространственным структурам ДНК, РНК и белков

Фролов А.С., Пономаренко Ю.В., Пономаренко М.П., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.

Институт Цитологии и Генетики СО РАН (Новосибирск)

Создание электронной библиотеки по пространственным структурам ДНК, РНК и белков в рамках гранта РФФИ 98-07-91078 направлено на решение широкого класса задач молекулярной биологии. Использование этой библиотеки обеспечит наибольший успех в следующих направлениях:

1. Понимание механизмов функционирования комплексов макромолекул (ДНК, РНК и белков);

2. Предсказание роли и особенностей функционирования вновь открытых макромолекул и их фрагментов в составе комплексов макромолекул.

Для решения этих проблем нами предложено создание комплекса из комплементар-ных и дочерних электронных баз данных для банка пространственных структур белков (PDB). В рамках данного проекта будет разработано также два основных механизма использования этого комплекса - создание и применение баз знаний и программ построения сценариев анализа накопленной и вновь открываемой информации.

Таким образом, информация, находящаяся в базах данных электронной библиотеки будет использована для выявления новых закономерностей в имеющихся данных и создания на этой основе новых инструментов - программ для дальнейшей добычи знаний.

Разработанные и реализованные в системах ACTIVITY, и BDNA-VIDEO методы создания баз знаний по комплексному изучению взаимодействий белков и регуляторных геномных последовательностей будут применены к ряду задач взаимодействия белок-белковых и белок-нуклеиновых взаимодействий на основных этапах жизнедеятельности. Такой подход позволяет в автоматическом режиме производить выявление значимых закономерностей для различных физико-химических, конформационных и контекстных характеристик исследуемых последователь-ностей.

На примере базы данных по регуляции транскрипции ТРРД, отработана методика построения сценариев анализа SeqAnn. Информация, содержащаяся в базах данных, используется для построения сценариев анализа данных, вводимых пользователем. Благодаря такому подходу отпадает необходимость в промежуточных этапах ручного извлечения и обобщения информации, а также написания индивидуальных исследовательских программ для большого количества информации, содержащейся в электронной библиотеке.

Описываемая система будет доступна через Интернет.

Кроме того, особенностью создаваемого комплекса в отличие от имеющихся наборов баз данных в молекулярной биологии будет развитая система интеграции по конкретным проблемам, наличие графической иллюстративной информации и возможностью использования программ анализа полученной и вновь открытой информации.

Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции

Ваши комментарии
А.М.Федотов

[Головная страница]
[Конференции]
[СО РАН]