IV рабочее совещание по электронным публикациям - EL-PUB-99

Новосибирск, Академгородок, ИВТ СО РАН, 21 - 23 апреля 1999 года.

Тезисы докладов

База данных GeneNet как средство семантической навигациипо базам данных по молекулярной биологии и генетике

Колпаков Ф.А., Ананько Е.А., Колчанов Н.А.

Институт Цитологии и Генетики (Новосибирск)

На данный момент в мире существует более 400 баз данных по молекулярной биологии и генетике. Подавляющее большинство из них посвящено описанию молекулярно-генетических объектов (органы, ткани, клетки, гены, белки, продукты метаболизма и др.) и их характеристик.

Созданная нами база данных GeneNet содержит в первую очередь формализованное описание семантических связей между этими объектами в ходе их функционирования при выполнении различных функций в организме. Стоит подчеркнуть, что эти семантические связи между объектами не могут быть выведены из свойств и характеристик этих объектов.

База данных GeneNet содержит описание только основных характеристик молекулярно-генетических объектов, однако она содержит большое количество ссылок на другие базы данных, в первую очередь PDB, EMBL, TRRD, TRANSFAC, SWISS-PROT, EPD, а также на оригинальные статьи из библиографической базы данных MEDLINE.

База данных GeneNet имеет удобный графический интерфейс, реализованный в виде Java апплета, который обеспечивает: 1) автоматическое графическое представление объектов и связей между ними из базы данных в виде графа и 2) навигацию по связанным с ней базам данных на основе ссылок.

Так, например, база данных GeneNet содержит описание компонентов и связей между ними, участвующими в противовирусном ответе организма, а также ссылки на другие базы данных, доступные через Internet, содержащие детальное описание этих объектов. Это позволяет получить полную информацию по этому важному биологическому вопросу на основе информации из многих различных банков данных, взаимно дополняющую друг друга.

Информация о семантических взаимоотношениях между молекулярно-генетическими объектами из базы данных GeneNet может использоваться для построения семантических запросов. Примером такого запроса может быть следующий: на что влияет итерферон-бетта (один из основных регуляторов противовирусного ответа) и на какие другие объекты, влияют объекты находящиеся под его влиянием.

Таким образом база данных GeneNet является удобным средством для семантической навигации по большому количеству баз данных по молекулярной биологии и генетике, а так же по библиографической базе данных MEDLINE.

Работа осуществляется при поддержке грантов РФФИ 98-04-49479, 99-07-90203, 98-07-91078э.

Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции

Ваши комментарии
А.М.Федотов

[Головная страница]
[Конференции]
[СО РАН]