|
Сибирское отделение РАН |
 |
Генетические основы биоразнообразия
Увеличение числа полностью секвенированных геномов митохондрий дает возможность использования компьютерных технологий для сравнительного анализа свойств ДНК этих органелл. Нами установлено, что в однонитевой ДНК частоты использования нуклеотидов (fA,fG,fT,fC) подчиняются закономерности, названной нами правило четырех нуклеотидов (ПЧН) - разность отношений частот использования комплементарных нуклеотидов пропорциональна доле пуринов (fR) в участке ДНК : fA/fT-fC/fG = a(fR-0,5)+b, где a и b параметры линейной регрессии. Рассчитанные нами параметры регрессии, отражающие ПЧН для одноцепочечной ДНК митохондрий более 50 видов организмов, демонстрируют существенное разнообразие и для некоторых представителей различных таксонов эти данные таковы.
Название объекта |
Таксон |
Уравнение |
r ±Sr |
Acanthamoeba castelliana |
Acanthamoebidae |
дельта=6,06(fR- 0,5)+0,12 |
0,94±0,03 |
Arabidopsis thaliana |
Magnoliophyta |
дельта=8,04(fR- 0,5)- 0,01 |
0,99±0,01 |
Asterina pectinifera |
Echinodermata |
дельта=12,3(fR- 0,5)- 0,26 |
0,86±0,07 |
Chondrus crispus |
Phodophyta |
дельта=7,17(fR- 0,5)+0,22 |
0,92±0,04 |
Caenorabditis elegans |
Nematoda |
дельта=4,43(fR- 0,5)+0,27 |
0,85±0,08 |
Chlamydomonas reinhardtii |
Chlorophyta |
дельта=7,59(fR- 0,5)+0,10 |
0,97±0,04 |
Echinococcus multilocularis |
Platyhelmintes |
дельта=3,10(fR- 0,5)+0,29 |
0,86±0,08 |
Homo sapiens |
Chordata |
дельта=20,0(fR- 0,5)- 0,21 |
0,78±0,09 |
Hansenula wingei |
Fungi |
дельта=7,32(fR- 0,5)+0,11 |
0,93±0,04 |
Katharina tunicata |
Mollusca |
дельта=5,87(fR- 0,5)+0,18 |
0,90±0,06 |
Locusta migratoria |
Arthropoda |
дельта=8,89(fR- 0,5)- 0,42 |
0,80±0,09 |
Lumbricu terrestis |
Annelida |
дельта=10,5(fR- 0,5)- 0,08 |
0,88±0,07 |
Marchancia polymorpha |
Embryophyta |
дельта=7,89(fR- 0,5)+0,01 |
0,98±0,03 |
Physarum polycephalum |
Myxogastria |
дельта=7,11(fR- 0,5)- 0,01 |
0,90±0,03 |
Tetrahymena pyroformis |
Alveolata |
дельта=7,18(fR- 0,5)+0,01 |
0,72±0,06 |
где Δ=fA/fT-fC/fG, а r±Sr - коэффициент корреляции с ошибкой. Данные получены путем анализа геномов по участкам длиной 300 н. Значительная гетерогенность структурно-функциональных свойств ДНК геномов митохондрий отражается в большой вариабельности параметров регрессии ПЧН. Различные функциональные участки ДНК (гены белков, тРНК, рРНК, интроны, межгенные участки) по нуклеотидному составу хорошо удовлетворяют ПЧН соответствующего генома. В работе обсуждаются различные аспекты использования ПЧН для сравнительного и эволюционного анализа геномов митохондрий и функциональных участков ДНК.
Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции
Ваши комментарииОбратная связь |
[Головная страница] [Конференции] |
© 1996-2000, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск
Дата последней модификации: 06-Jul-2012 (11:44:54)