Тезисы докладов

Водные экосистемы

В настоящее время подробно описаны существующие светящиеся микроорганизмы, их основные характеристики, особенности экспрессии свечения, возможности, результаты и перспективы использования для различных целей. Широкое и разностороннее применение репортерных lux-генов ставит задачу упорядочения информации именно по такому признаку, как особенности структуры биолюминесцентной системы в природных и трансгенных микроорганизмах, а также по характеристикам, непосредственно связанным с этим признаком.

Коллекция культур ИБСО служит основой для создания БД BIOLUMBASE, которая разрабатывается в технологии Клиент/сервер, используя CASE-средства Platinum Technology ERWin 3.5.2. В разрабатываемой модели BIOLUMBASE природные (ПМ) и трансгенные (ТМ) микроорганизмы с lux-генами, образуют самостоятельные разделы. При создании логической схемы двух разделов выработаны единые способы классификации общих характеристик биолюминесцентных систем, как нативных, так и клонированных в несветящихся микроорганизмах lux-генов, а также общие подходы к составлению, набору и вводу информации, унификации экспериментальных и литературных данных применительно к разрабатываемой информационной системе. В создаваемой БД предусмотрена возможность хранения текстовой и формализованной информации о свойствах люминесцентных бактерий и клонированных элементов, рисунков, схем, микрофотографий, а также формализованной информации из международных баз данных.

Оба раздела BIOLUMBASE будут иметь выходы на электронные коллекции микроорганизмов и базы данных по структурам белков, генетическим картам, геномным последовательностям и метаболитным путям с описанием регуляции экспрессии бактериальных оперонов, в том числе клонированных гетерологичных lux-генов в разных микроорганизмах, а также базы данных по использованию репортерных генов в фундаментальных и прикладных исследованиях. Связь БД BIOLUMBASE с другими базами данных может быть осуществлена самим пользователем через предусмотренные в структуре БД ссылки на адреса в сети Internet и литературные источники. Построенная таким образом БД микроорганизмов, несущих маркерные lux-гены, может стать уникальной по информационной значимости. Необходимо отметить, что пока нет баз данных, отражающих особенности биолюминесценции и возможности ее использования в фундаментальных исследованиях и различных технологиях, как и баз данных по рекомбинантным плазмидам с клонированными люминесцентными генами и возможностях их использования в прогнозной экологии и других фундаментальных и прикладных областях науки.

Работа выполнена при поддержке грантов РФФИ № 00-07-90111 и № 01-07-06002. ________________________ * Автор для переписки

Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции

Ваши комментарии Обратная связь

[Головная страница] [Конференции]

© 1996-2000, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск
    Дата последней модификации: 06-Jul-2012 (11:44:54)