ДА ЗДРАВСТВУЕМ МЫ!
В дни, когда в честь праздника Науки открылись двери институтов,
экскурсантам — студентам, школьникам и любознательным
представителям разных профессий — аргументированно доказывали
преимущества занятий наукой и показывали наиболее значимые
исследовательские объекты и комплексы. В Институте химической
биологии и фундаментальной медицины СО РАН среди прочей
обязательно звучала информация о Центре протеомных исследований,
действующем в режиме Центра коллективного пользования. В
последние месяцы он заметно активизировал работу.
Людмила Юдина, «НВС»
О деятельности Центра, его задачах и перспективах рассказывают
зам. директора института, заведующая
лабораторией исследования модификации полимеров, доктор химических наук Ольга ФЕДОРОВА и
сотрудник лаборатории кандидат химических наук Владимир КОВАЛЬ.
Лаборатория выступает в роли куратора Центра.
 |
| Сотрудники Центра протеомных исследований ИХБФМ СО РАН:
аспирант НГУ Н. Кузнецов, м.н.с. Ю. Герасимова, к.х.н. В. Коваль,
д.х.н. О. Федорова, студентка НГУ Л. Пшеничникова, д.ф-м.н.
Ю. Воробьев, студентка НГУ А. Кузнецова, к.х.н. А. Черноносов.
|
О. Федорова: Работа Центра протеомных исследований базируется на
масс-спектрометрах для анализа молекул с большими массами:
белков, пептидов, нуклеиновых кислот и их фрагментов — нуклеотидов.
Идею приобретения такого прибора для института в
свое время высказал академик Д. Кнорре. Президиум Сибирского
отделения поддержал ее, председатель приборной комиссии СО РАН
академик Р. Сагдеев быстро помог с приобретением таких
масс-спектрометров. В настоящее время мы имеем два
масс-спектрометра: немецкой фирмы «Брукер» и американской фирмы
«Агилент». Первый из них уже работает в течение двух лет, второй
недавно поступил в институт и скоро будет запущен в эксплуатацию.
 |
| Регистрация спектров на MALDI-TOF масс-спектрометре REFLEX III
фирмы «Bruker Daltonics»: м.н.с. Ю. Герасимова, к.х.н. В. Коваль,
аспирант Н. Кузнецов.
|
В. Коваль: В настоящее время прибор фирмы «Брукер» — единственный
масс-спектрометр за Уралом. Рутинные приборы для исследования
малых масс есть в каждом институте. А наши масс-спектрометры — уникальные,
для регистрации больших масс и потому очень
востребуемы.
— А вообще, как давно на вооружении исследователей такие
приборы?
О. Федорова: За рубежом уже более 15 лет ведут работы на таких
масс-спектрометрах. В Москве они, разумеется, есть — в течение
многих лет мы отправляли туда институтские образцы.
— Сейчас, можно надеяться, многие ваши проблемы будут разрешены?
Какой характер работ в основном связывают с Центром?
О. Федорова: В первую очередь, проведение научных исследований в
области протеомики. Протеомика — новое направление науки,
появившееся совсем недавно вслед за расшифровкой геномов многих
организмов. Этот термин впервые возник в 1995 г. в связи с
предложением приступить к созданию молекулярного белкового атласа
человека. Наука «протеомика» преследует цель инвентаризации всех
белков, закодированных в геноме определенного организма, и их
взаимодействий между собой. Однако, в отличие от многих других
наук постгеномной эры в биологии, протеомика представляет собой
практически неограниченную область знаний, так как количество
объектов анализа (белков) бесконечно: это количество может
составлять миллион и более, что делает задачу полной
инвентаризации на настоящем этапе трудно выполнимой. Следует
отметить, что инвентаризация белков — всего лишь одна из целей
протеомного анализа. Необходимо выяснить принципы взаимодействия
между белками, а также закономерности регуляции их работы.
Функциональная протеомика ставит своей целью получить информацию
о взаимодействии всех белков клетки и их влиянии на экспрессию и
модуляцию активности генов, пост-трансляционную модификацию
белков в составе белковых комплексов.
 |
Студентка НГУ Л. Пшеничникова проводит обработку биологических
образцов перед анализом. |
Медицинская протеомика — новая и перспективная область
биомедицинских исследований, позволяющая применить достижения
функциональной протеомики и геномики, а также биоинформатики к
клиническому анализу биологических образцов пациентов. Поэтому мы
будем работать в этой области, расширять диагностическую
направленность наших исследований. Масс-спектрометрический метод
позволяет упростить некоторые медицинские анализы, например,
анализ на гликозилированный гемоглобин. Это весьма важный
показатель при диагностике диабета в развивающейся стадии. Данное
тяжелое и опасное заболевание определяют обычно по уровню глюкозы
в крови, анализ отражает сиюминутную ситуацию и в принципе может
зависеть от разных факторов. Гликозилированный гемоглобин
накапливается в течение нескольких месяцев, и его уровень
наиболее точно показывает концентрацию сахара в крови. На сегодня
по данным ВОЗ этот показатель признается лучшим тестом для
выявления больных диабетом. В настоящее время для его определения
используется хроматографическая методика. Она неудобна по
сравнению с масс-спектрометрией для скрининговых исследований,
анализа большого числа образцов.
В. Коваль: Будем развивать и другие направления диагностики, в
частности, займемся поиском маркеров различных заболеваний, в том
числе и онкологических. Центр протеомных исследований имеет для
этого все возможности. Установим второй масс-спектрометр, с
которым совмещен прибор для капиллярного электрофореза. С помощью
приборной комиссии СО РАН закуплен ряд других приборов, которые
начнут работать уже в этом году.
— В настоящий момент основной объем работ Центр выполняет для
родного института?
В. Коваль: Для всех лабораторий ведем масс-спектрометрические
работы. Выполняем заказы Новосибирского института органической
химии, Института катализа, Института цитологии и генетики;
сотрудничаем с фармацевтами из Томской медакадемии. От
исследователей идет достаточно большой поток образцов — каждый
день до 10 проб. И это не просто рутинный анализ — для каждой
пробы требуется подбор условий регистрации. Есть все основания
считать, что количество анализов будет увеличиваться.
О. Федорова: У исследователей биологического профиля, работающих
на медицину, особенно тех, кто имеет дело с большими массами,
большими молекулами биополимеров, к этому методу чрезвычайно
большой интерес. В данный момент в процессе регистрации находится
интернет-сайт ЦКП.
— Такое ощущение, что наука, которой в печально известные годы
почти в буквальном смысле слова перекрывали кислород, обретает
былую силу?
О. Федорова: И здесь, в первую очередь, надо сказать спасибо
многим и многим людям, которые выстояли, отстояли авторитет
россиян, приумножили их славу.
Не могу в связи с этим не высказать того, что давно наболело.
Случается, на страницах газеты рассказывается о благополучной
жизни бывших сотрудников Сибирского отделения, у которых так
здорово все складывается за рубежом. Мы за них очень рады,
грустно лишь осознавать, что такие специалисты экстра-класса
работают не с нами. Конечно, их отъезд можно объяснить сложностью
тех лет, отсутствием оборудования, возможностей для полноценной
работы, жизни, воспитания детей и т.д. Но каково было нашему
институту, из которого в едином порыве уехали не один и не два, а
буквально десятки ученых?
Лично у меня большое уважение вызывают те, кто остался, работает
на отечественную науку, находит способы на месте что-то для нее
сделать.
В. Коваль: Сегодня в институте почти полностью отсутствует целое
поколение — от 40 до 50 лет. Те люди, которые бы могли стать
учителями, наставниками молодых. Это был ощутимый удар не только
для института — для всей науки, от которого нелегко оправиться.
В той же Москве многие институты такого просто не выдержали!
О. Федорова: Да и у нас некоторых лабораторий не стало, другие
долго оставались ослабленными, неукомплектованными, в том числе и
наша. Плохо было, но мы искали выход, держались, верили в лучшие
времена и занимались любимым делом, поддерживали престиж
института, выполняющего исследования на высоком мировом уровне.
На сегодня лаборатория полностью укомплектована, в ней много
аспирантов — очень энергичный народ, особенно женская половина,
работают увлеченно, защищаются. Отличная молодежь! Кстати,
Владимир Васильевич, вместе с которым мы сейчас ведем рассказ,
как раз один из тех, кто не поддался общему настроению, и здесь,
на месте, доказал, чего при желании можно добиться.
Пришел он к нам еще студентом в 1992 году, уже отслужив в армии.
В 1994-м закончил НГУ, стал сотрудником лаборатории, подготовил
диссертацию, защитился и очень хорошо работает. Под свою тематику
он получил множество премий и грантов из различных фондов. Пусть
эти «вливания» не всегда были значительными, но суммарно
позволяли не прерывать работ. Сейчас он возглавляет очень
интересное современное направление — исследование динамики
конформационных превращений биополимеров. Объединил вокруг себя
молодых (сам он перешагнул границу, где научная молодость
заканчивается, ему 36 лет).
— Дружите ли с коллегами из других лабораторий?
О. Федорова: Прежде всего — с лабораторией ферментов репарации
доктора химических наук Георгия Невинского. Совместно с ним мы
начали изучать процессы репарации ДНК. В геномной ДНК под
действием различных факторов возникают те или иные повреждения.
Но они настолько минимальны, что практически их невозможно
распознать. Только ферменты «узнают» эти повреждения и исправляют
их. Но как происходит узнавание — отдельная тема. ДНК — это
сложный механизм, таинственный мир, в котором много познано, но
еще больше предстоит открыть.
В. Коваль: Сейчас совместно исследуем взаимодействие ферментов
репарации ДНК, динамику конформационных превращений ферментов — быстрая
кинетика, быстрая динамика, быстрые процессы с
мониторингом в реальном времени. Изучение закономерностей
протекания биологических процессов очень важно для выяснения всех
деталей узнавания биополимеров.
Инициировала и организовала работу, подготовила проект,
обеспечивала финансирование наш завлаб Ольга Семеновна.
Отмечу такой показательный факт. В лабораторию Георгия
Александровича Невинского вернулся его бывший студент Дмитрий
Жарков. Он защитился в престижном университете Америки, работал
там, опубликовал много работ. Здесь подтвердил ученую степень
кандидата биологических наук. Дмитрий обеспечивает нас образцами
ферментов, а мы выполняем всю физико-химическую часть.
Еще один коллега, с которым очень часто сотрудничаем — Дмитрий
Пышный, зав. группой физической химии нуклеиновых кислот,
кандидат химических наук.
Кстати, мы все трое — Дима Жарков, Дима Пышный и я вместе
учились в университете, в одно время отслужили в армии. Многие
годы работаем вместе, дружим. А дружба — великая вещь, она
помогает во всем, в том числе — в работе.
— Ольга Семеновна, приятно сознавать, особенно в день,
знаменующий торжество и силу науки, что укрепляются ее позиции.
Полегче живется нынче?
О. Федорова: Значительно! Я упоминала, что мы уже не испытываем
дефицита кадров, оснащаемся дорогими современными приборами. И на
них есть кому работать. В лабораторию вернулся доктор
физико-математических наук Юрий Николаевич Воробьев, занимающийся
компьютерным моделированием структур белков. Он пробыл некоторое
время в Америке — у нас не было технических возможностей для
ведения такой работы. Сейчас же компьютерная база здесь на
уровне. Юрий Николаевич входит в десятку лучших специалистов
мира, специалист экстра-класса, буквально нарасхват. Многие из
тех, кто занимается биоинформатикой в стране, приглашают его
сотрудничать. А он у нас! Сегодня узнали приятную новость: наш
аспирант Никита Кузнецов — лауреат конкурса «Лучший аспирант РАН
2006 года». Он стал победителем Лаврентьевского конкурса, получил
грант ИНТАС. Все это настраивает на оптимистический лад,
стимулирует нас на достижение новых побед.
— Мне кажется, что вам следует время от времени, в определенных
случаях восклицать: «Да здравствуем мы!». Или воспроизводить
строчку из жизнеутверждающей песни — «И все-таки мы победили!»
Фото А. Зенкова.
стр. 4
|
